Al suo interno sono conservati alcuni cimeli napoleonici donati direttamente dal pronipote dell'imperatore Napoleone, il principe Anatolio Demidoff. Tra questi la maschera in bronzo dell'imperatore morente, un calco in bronzo della mano e la prima bandiera dell'Elba recante tre api ricamate in filo d'oro che l'imperatore donò all'Elba il 4 maggio 1814.
Il resto del materiale presente è stato donato negli anni dagli abitanti di Portoferraio oppure è parte della collezione privata dell’Arciconfraternita.
"Da quest'anno - commenta il governatore Simone Meloni - abbiamo apportato delle importanti aggiunte alla collezione andando a restaurare, con il contributo dei nostri volontari, l'antica ambulanza a trazione umana in modo da abbinarla alla nostra storica divisa composta da buffa e cappa.
Abbiamo cercato di raccontare ancora di più i nostri primi 450 anni di attività a servizio della popolazione. I dati rilasciati dalla Regione Toscana, sull'affluenza museale, ci danno ragione del fatto di aver puntato a un percorso culturale che attira molti visitatori e racconta una parte della storia di Portoferraio e di tutta l'isola".
Il rapporto 2014 riguardante i musei della Toscana, redatto dalla Regione, evidenzia i dati di accesso ai musei ponendo quello della Misericordia tra i più visitati di Portoferraio. Il primo dato del 2012 registra infatti una presenza di ingressi pari a 1.747 per seguire con il 2013 che conta 2.750 e arrivare ad oggi con circa 4.700 presenze.
Con il conteggio stagionale ancora da chiudere, il governatore afferma: "Sono molto soddisfatto di questo dato merito dei nostri volontari culturali che con impegno e volontà hanno creduto nel nostro museo e hanno fatto in modo di tenerlo aperto e sistemato durante tutta la stagione estiva senza percepire alcun compenso se non il nostro grazie, quindi ci tengo a ricordare i loro nomi: Teresa, Enrico, Marika, Nadia, Maria Assunta, Elisa, Davide, Fabio e Silvia".
"Un risultato che se paragonato a musei più importanti e pubblicizzati del nostro, come ad esempio il Museo Civico Archeologico della Linguella con 2.920 presenze nel 2013, ci rende orgogliosi del nostro operato e ci stimola verso ulteriori migliorie nell'offerta culturale portoferraiese.
Un ottimo risultato scaturito dalla passione e dall'amore per la nostra storia, sia di confratelli che di cittadini. Teniamo a sottolineare che il museo funziona solo grazie al volontariato e non è, purtroppo, all'interno di nessun itinerario turistico pubblicizzato.
Nel 2015 abbiamo partecipato con il museo e la Chiesa alle notti dell'Archeologia organizzate dalla Regione Toscana aprendo le porte il 15 agosto notte per il compleanno di Napoleone accogliendo numerosi turisti offrendo una visita guidata all'interno della Chiesa e del Museo".
I due Consiglieri del Magistrato, Maria Teresa Bianchi e Alessandro Pastorelli, delegati alla cultura si dichiarano: "Molto soddisfatti dei risultati e degli obbiettivi raggiunti e siamo pronti a continuare a far crescere le iniziative culturali che ruotano attorno alla Misericordia di Portoferraio così da non disperdere la memoria della Misericordia ma soprattutto della nostra città".